Lịch sử Đường sắt Việt Nam - một trong những ngành công nghiệp lâu đời nhất của Việt Nam mở ra trang đầu tiên từ năm 1881 với việc khởi công xây dựng tuyến Đường sắt đầu tiên Sài Gòn - Mỹ Tho. Sau 4 năm, chuyến tàu đầu tiên bắt đầu khởi hành từ Sài Gòn đi Mỹ Tho vào ngày 20-7-1885.
Trong giai đoạn giữa năm 1882 và 1936 các tuyến đuờng chính đã được xây dựng theo công nghệ của Pháp theo loại khổ đuờng 1m và đã hình thành hệ thống chính về Đường sắt. Trong thời kỳ kháng chiến và cho tới khi thống nhất đất nước Đường sắt Việt Nam đã bị thiệt hại nặng nề. Sau khi đất nước thống nhất, kể từ năm 1976 Đường sắt đã hầu hết được khôi phục lại, đặc biệt là tuyến Đường sắt Thống nhất Bắc Nam. Tuy nhiên do tình trạng thiếu vốn nên việc phục hồi hoàn toàn vẫn chưa thực hiện được. Sau khi chuyển đổi cơ cấu và chuyển sang cơ chế thị trường năm 1989, Đường sắt Việt Nam bắt tay vào chương trình khôi phục và hiện đại hoá Đường sắt để ngành Đường sắt trở thành một ngành vận tải hàng đầu của Việt Nam, đóng góp tích cực vào sự tăng truởng kinh tế của đất nước và hoà nhập với các Đường sắt trong khu vực Đông Nam Á.
Thực hiện Quyết định 34/QĐ-TTg ngày 4-3-2003 về việc thành lập Tổng Công ty đường sắt Việt Nam, ngày 13-6-2003, tại Trụ sở Liên hiệp đường sắt Việt Nam đã triển khai các quyết định của Thủ tướng Chính phủ và Bộ trưởng Bộ GTVT bổ nhiệm các ủy viên Hội đồng Quản trị, Tổng Giám đốc Tổng Công ty ĐSVN. Từ ngày 7-7-2003 Đường sắt Việt Nam chính thức đi vào hoạt động theo mô hình tổ chức mới: Tổng Công ty đường sắt Việt Nam, trong đó khối vận tải bao gồm 4 đơn vị chính là Công ty Vận tải Hành khách Đường sắt Hà Nội, Công ty Vận tải Hành khách Đường sắt Sài Gòn, Công ty Vận tải Hàng hoá Đường sắt và Trung tâm điều hành Vận tải Đường sắt.
Ngày 17-12-2014, Hội đồng thành viên Tổng Công ty ĐSVN đã có Quyết định số 1973/QĐ - ĐS về việc chuyển đổi Công ty Vận tải hành khách đường sắt Sài Gòn thành Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên Vận tải đường sắt Sài Gòn do Tổng Công ty Đường sắt Việt Nam nắm giữ 100% vốn điều lệ; Ngày 08-01-2015, Bộ trưởng Bộ Giao thông Vận tải ra quyết định số 64/QĐ-BGTVT về việc phê duyệt danh sách các doanh nghiệp thực hiện cổ phần hóa năm 2015. Công ty TNHH MTV Vận tải Đường sắt Sài Gòn là một trong số các công ty nằm trong danh sách trên, sẽ được tiến hành cổ phần hóa;
Tuyến đường sắt Sài Gòn - Mỹ Tho
Căn cứ Luật Doanh nghiệp và các quy định tại Nghị định số 59/2011/NĐ-CP ngày 18/7/2011 của Chính phủ về việc chuyển doanh nghiệp 100% vốn nhà nước thành Công ty cổ phần, Công ty đủ điều kiện để tiến hành Đại hội đồng cổ đông thành lập Công ty cổ phần Vận tải Đường sắt Sài Gòn.
Thực hiện sự chỉ đạo của Bộ Giao thông Vận tải và Ban chỉ đạo cổ phần hóa, Công ty tổ chức Đại hội đồng cổ đông thành lập Công ty cổ phần Vận tải Đường sắt Sài Gòn vào ngày 21-01-2016. Công ty có trụ sở đặt tại 136 Hàm Nghi, phường Bến Thành, Quận 1, Thành phố Hồ Chí Minh.
Công ty CP Vận tải Đường sắt Sài Gòn với ngành nghề kinh doanh chính là vận tải hành khách, hàng hóa, hành lý bằng đường sắt trên phạm vi cả nước và quốc tế; kinh doanh các dịch vụ hỗ trợ vận tải. Công ty chúng tôi có 9 Đơn vị trực thuộc được phân bổ tại khắp các vùng miền trên cả nước.